Công tác quản lý hóa đơn, chứng từ đang khó kiểm soát, nhất là từ khi Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính thực hiện việc giao quyền tự chủ cho các tổ chức, doanh nghiệp, đơn vị sự nghiệp về việc in, phát hành và sử dụng hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.