Với chiều dài gần 1.000 km cùng 250 bến bãi, đường thủy nội địa TP.HCM cũng tiềm ẩn các nguy cơ lây lan dịch bệnh. Cùng với các chốt kiểm soát đường bộ, công tác kiểm dịch của các chốt đường thủy cũng được ngành chức năng đẩy mạnh và tăng cường.