Hiện nay, giao thông thủy được xem là phương thức chia sẻ gánh nặng với hạ tầng đường bộ hiện hữu. Để đẩy mạnh giao thương đường thủy, Sở GTVT TP.HCM mới đây đã đề xuất TP giảm 50% phí hạ tầng cảng biển đối với hàng hóa xuất nhập khẩu chở bằng đường thuỷ.